DOI - Vydavatelství Mendelovy univerzity v Brně

Identifikátory DOI

ISBN online: 978-80-7509-947-1 | DOI: 10.11118/978-80-7509-947-1

METODIKA KVANTIFIKACE HOUBOVÉHO PATOGENU Rhizoctonia solani V PŮDĚ METODOU REAL-TIME PCR

Certifikovaná metodika

Ludmila Holková, Barbora Jílková, Jana Víchová, Martin Kmoch

Cílem certifikované metodiky je optimalizovat molekulární metody detekce a kvantifikace polyfágního houbového patogenu Rhizoctonia solani z půdního prostředí. Metodika je zaměřena na hostitele lilek brambor, u kterého tento patogen způsobuje významné onemocnění – vločkovitost hlíz bramboru. Použitá metoda SybrGreen real-time PCR umožňuje vysokou citlivost detekce uvedeného patogenu v půdě a zajišťuje spolehlivost diagnostiky. Protokoly jsou optimalizovány pro běžné použití v laboratořích zabývajících se molekulární biologií.

Klíčová slova: Solanum tuberosum, vločkovitost hlíz, qPCR, relativní kvantifikace

1. vydání, online: 2023, vydavatel: Mendelova univerzita v Brně



Reference

  1. Ackermann, P., Talich, P., Řehák, V., Kocourek, F. (ed.). (2013). Metodická příručka integrované ochrany rostlin proti chorobám, škůdcům a plevelům. Praha: Česká společnost rostlinolékařská. ISBN 978-80-02-02480-4.
  2. Ajayi-Oyetundea, O.O., Bradley, C.A. (2018). Rhizoctonia solani: taxonomy, population biology and management of rhizoctonia seedling disease of soybean. Plant Pathology, 67: 3-17. https://doi.org/10.1111/ppa.12733 Přejít k původnímu zdroji...
  3. Anguiz, R., Martin, C. (1989). Anastomosis groups, pathogenicity and other characteristics of Rhizoctonia solani isolated from potato in Peru. Plant Disease, 73: 199-201. Přejít k původnímu zdroji...
  4. Balali, G.R., Neate, S.M., Scott, E.S., Whisson, D.L., Wicks, T.J. (1995). Anastomosis group and pathogenicity of isolates of Rhizoctonia solani from potato crops in south Australia. Plant Pathology, 44: 1050-1057. Přejít k původnímu zdroji...
  5. Cullen, D.W., Lees, A.K., Toth, I.K., Duncan, J.M. (2001). Conventional PCR and real-time quantitative PCR detection of Helminthosporium solani in soil and on potato tubers. European Journal of Plant Pathology, 107: 387-398. https://doi.org/10.1023/A:1011247826231 Přejít k původnímu zdroji...
  6. Dubey, S.C., Tripathi, A., Upadhyay, B.K., Kumar, A. (2016). Development of conventional and real time PCR assay for detection and quantification of Rhizoctinia solani infecting pulse crops. Biologia 71: 133-138. https://doi.org/10.1515/biolog-2016-0027 Přejít k původnímu zdroji...
  7. Lees, A.K., Cullen, D.W., Sullivan, L., Nicolson, M.J. (2002). Development of conventional and quantitative real-time PCR assays for the detection and identification of Rhizoctonia solani AG-3 in potato and soil. Plant Pathology, 51: 293-302. https://doi.org/10.1046/j.1365-3059.2002.00712.x Přejít k původnímu zdroji...
  8. Lievens, B., Brouwer, M., Vanachter, A.C.R.C., Cammue, B.P.A., Thomma, B.P.H.J. (2006). Real-time PCR for detection and quantification of fungal and oomycete tomato pathogens in plant and soil samples. Plant Science, 175 (1): 155-175. https://doi.org/10.1016/j.plantsci.2006.03.009 Přejít k původnímu zdroji...
  9. Mičuda, S., Fuksa, L., Brčáková, E., Cermanová, J., Geršl, V. (2006). Molekulárně biologické metodiky ve farmakologii [online]. Ústav farmakologie, Univerzita Karlova v Praze, Lékařská fakulta v Hradci Králové, [cit. 18. dubna 2022].
  10. Okubara, P.A., Schroeder, K.L., Paulitz T.C. (2008). Identification and quantification of Rhizoctonia solani and R. oryzae using Real-Time Polymerase Chain Reaction. Phytopathology, 98: 837-847. https:// doi.org/10.1094/PHYTO-98-7-0837 Přejít k původnímu zdroji...
  11. Pfaffl, M.W. (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic Acids Research, 29(9): e45. https://doi.org/10.1093/nar/29.9.e45 Raclavský, V. (2003). Metody molekulární genetiky. [online]. [cit. 23. dubna. 2022]. Dostupné na www: http://biologie.upol.cz/metody/ Přejít k původnímu zdroji...
  12. Rasmuseen, R. (2001). Quantification on the LightCycler, s. 1-34. In: Meuer, S., Wittwer, C., Nakagawaran, K.I.: Rapid Cycle Real-Time PCR. Springer, Berlin, Heidelberg. https.//doi.org/10.1007/978-3-642-59524-0_3 Přejít k původnímu zdroji...
  13. Taberlet, P., Gielly, L., Pautou, G., Bouvet, J. (1991). Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA. Plant Molecular Biology, 17: 1105-1109, https://doi.org/10.1007/BF00037152 Přejít k původnímu zdroji...
  14. Wallon, T., Sauvageau, A., Van der Heyden, H. (2020). Detection and quantification of Rhizoctonia solani and Rhizoctonia solani AG1-IB causing the bottom rot of lettuce in tissues and soils by multiplex qPCR. Plants, 10(1): 57. https://doi.org/10.33804/pp.005.03.3925 Přejít k původnímu zdroji...
  15. Woodhall, J.W., Adams, I.P., Peters, J.C., Harper, G., Boonham, N. (2013). A new quantitative real-time PCR assay for Rhizoctonia solani AG3-PT and the detection of AGs of Rhizoctonia solani associated with potato in soil and tuber samples in |Great Britain. European Journal of Plant Pathology, 136: 273-280. https://doi.org/10.1007/s10658-012-0161-8 Přejít k původnímu zdroji...
  16. Žižka J. (2022). Situační a výhledová zpráva brambory. Ministerstvo zemědělství. s. 52. ISBN 978-80-7434-655-2
  17. Kmoch, M., Holková, L., Pokorný, R., Cerkal, R. (2013). Identifikace a kvantifikace hub rodu Fusarium v obilkách kukuřice a ječmene pomocí metody založené na qPCR. Certifikovaná metodika. První vydání. Mendelova univerzita v Brně: Ediční středisko Mendelovy univerzity v Brně. 27 s. ISBN: 978-80-7375-909-4
  18. Holková, L., Jílková, B., Víchová, J., Bačová N., Kmoch, M. (2023) Možnosti detekce a kvantifikace Rhizoctonia solani v půdě. Úroda, 12(LXX), vědecká příloha, 93-100. ISSN 0139-6013